I primi due titoli della serie di Killzone, nonostante un contesto narrativo interessante, presentavano una trama piuttosto semplice. Secondo il senior producer di Killzone 3, Steven Ter Heide, il terzo capitolo si focalizzerà maggiormente sulla trama rispetto ai predecessori, analizzando gli aspetti della cultura e della storia Helgast, e facendovi confrontare con gli intrighi e le vicende che porteranno alla nomina di un successore di Visari. Nel gioco, inoltre, saranno presenti varie sotto-trame, che a detta di Ter Heide verranno a convergere in un finale "esplosivo".
